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lcf5876:historico-disciplina:2018:programa:10-nocoes-programacao:10-05-exemplos-funcoes
  LCF-5876 Computação no Ambiente R:
Aplicações em Ecologia
e Recursos Florestais
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10. NOÇÕES DE PROGRAMAÇÃO

10.5. Exemplos de Algumas Funções

10.5.1. Uma função "Jackknife"


Código da Função

  1 ######################################################
  2 ########### 10. NOÇÕES DE PROGRAMAÇÃO
  3 ########### 10.5. Exemplo de Algumas Funções
  4 ######################################################
  5 # 10.5.1. Uma função "Jackknife"
  6 ## Código da Função
  7 jackknife <- function(x, FUN, ...)
  8  {
  9         n = length(x)
 10         X = matrix(rep(x, n), ncol=n, byrow=F)
 11  #
 12         diag(X) = rep(NA, n)
 13  #
 14         out = apply(X, 2, FUN, ...)
 15  #
 16         return(out)
 17  }
 18

Exemplo de Aplicação

Dados: caixeta.csv

 19 ## Exemplo de Aplicação
 20
 21 cax = read.csv("caixeta.csv", as.is=TRUE)
 22 cax$dap = cax$cap / (10*pi)
 23 d.mediana = jackknife(cax$dap, median, na.rm=T)
 24 plot(density(d.mediana))
 25 abline(v=median(cax$dap), col="red")
 26

10.5.2. Cálculos da "Species Acumulation Curve"


Código da Função

 27 # 10.5.2. Cálculos da "Species Acumulation Curve"
 28 ## Código da Função
 29 sac.curve <- function(x, index=1:(dim(x)[1]))
 30  {
 31  #      x -> matriz de presencao-ausencia das especies
 32  #              linhas = unidades amostrais (parcelas, pontos, etc.)
 33  #              colunas  = especies
 34  #      index -> vetor de indices para as linhas de x
 35  #
 36  #
 37         x <- x[index,]
 38         n.ua <- dim(x)[1]
 39         n.sp <- dim(x)[2]
 40         acumula <- apply(x, 2, cumsum)
 41         difere <- apply(acumula, 2, diff)
 42         reverte <- acumula[ - n.ua, ] == 0
 43         coletor <- rbind( x[1,], difere * reverte)
 44         dimnames(coletor)[1] <- dimnames(x)[1]
 45         out <- cumsum( apply(coletor, 1, sum) )
 46         out
 47  }
 48

Exemplo de Aplicação

Dados: caixeta.csv

 49 ## Exemplo de Aplicação
 50
 51 cax = read.csv("caixeta.csv")
 52 cax$arv = paste(cax$local,cax$parcela,cax$arvore)
 53
 54 jureia = cax[ cax$local == "jureia", ]
 55 retiro = cax[ cax$local == "retiro", ]
 56 chauas = cax[ cax$local == "chauas", ]
 57
 58 jureia.sac = sac.curve( table( jureia$arv, jureia$especie ) )
 59 retiro.sac = sac.curve( table( retiro$arv, retiro$especie ) )
 60 chauas.sac = sac.curve( table( chauas$arv, chauas$especie ) )
 61
 62 plot( 1:length(jureia.sac),
 63      jureia.sac, xlab="Número de Árvores", ylab="Número de Espécies",
 64      type = "l", col="red" , xlim=c(1,290), lwd=3)
 65 lines( 1:length(retiro.sac), retiro.sac, col="green", lwd=3)
 66 lines( 1:length(chauas.sac), chauas.sac, col="orange", lwd=3)
 67 legend(150, 13, c("Juréia","Chauás","Retiro"), lwd=3,
 68        col=c("red","green","orange") )
 69

10.5.3. Uma função "plot" para Objetos "nls"


Código da Função

 70 # 10.5.3. Uma função "plot" para Objetos "nls"
 71 ## Código da Função
 72 plot.nls <- function(x, which=c(1:4), ...)
 73  {
 74         old.par <- par(no.readonly = TRUE)
 75         on.exit(par(old.par))
 76         par( ask = TRUE )
 77  #
 78         if( !any(class(x) == "nls") )
 79                 stope("Only work with nls objects!")
 80         if( any(which==1) )
 81         {
 82                 plot(fitted(x), residuals(x),
 83                         xlab = "Fitted Values",
 84                         ylab = "Residuals",
 85                         ...
 86                 )
 87                 abline( h = 0, lty=2 )
 88                 lines(lowess(fitted(x), residuals(x)), col="red")
 89         }
 90         if( any(which==2) )
 91         {
 92                 qqnorm( residuals(x),
 93                         ylab = "Residual Quantiles",
 94                         ...
 95                 )
 96                 qqline( residuals(x), lty=2 )
 97                 #
 98         }
 99         if( any(which==3) )
100         {
101                 xval = fitted(x)
102                 yval = sqrt(abs(residuals(x)))
103                 plot(xval, yval,
104                         xlab = "Fitted Values",
105                         ylab = "Sqrt( Abs( Residuals ) )",
106                         ...
107                 )
108                 lines(lowess(xval, yval), col="red")
109         }
110         if( any(which==4) )
111         {
112                 prof <- profile(x)
113                 plot( prof, absVal=FALSE )
114         }
115  #
116         invisible()
117  }
118

Exemplo de Aplicação

Dados: caixeta.csv

119 ## Exemplo de Aplicação
120 coef( lm(log(h) ~ log(cap), data=cax) )
121 nlin = nls( h ~ exp(b0)*cap^b1, data=cax, start=c(b0=2.5316, b1=0.34028) )
122 plot(nlin)
123

10.5.4. Cálculo dos "Variance Inflaction Factors (VIFs)"


Código da Função

124 # 10.5.4. Cálculo dos "Variance Inflaction Factors (VIFs)"
125 ## Código da Função
126 vif <- function(object, ...)
127         UseMethod("vif")
128
129 vif.default <- function(object, ...)
130         stop("No default method for VIF. Sorry.")
131
132 vif.lm <- function(object, ...)
133  {
134         V <- summary(object)$cov.unscaled
135         Vi <- crossprod(model.matrix(object))
136         nam <- names(coef(object))
137         k <- match("(Intercept)", nam, nomatch=FALSE)
138         if( k )
139         {
140                 v1 = diag(V)[-k]
141                 v2 = diag(Vi)[-k] - Vi[k, -k]^2 / Vi[k, k]
142                 nam = nam[-k]
143         }
144         else
145         {
146                 v1 <- diag(V)
147                 v2 <- diag(Vi)
148         }
149         structure(v1 * v2, names=nam)
150  }
151

Exemplo de Aplicação

Dados: esaligna.csv

152 ## Exemplo de Aplicação
153
154 esa = read.csv("esaligna.csv")
155 plot(total ~ dap, data=esa)
156 reg = lm( total  ~ dap + I(dap^2) + ht + I(dap^2*ht), data=esa)
157 vif(reg)
158 vif(nlin)
159




lcf5876/historico-disciplina/2018/programa/10-nocoes-programacao/10-05-exemplos-funcoes.txt · Última modificação: 2020/03/06 10:21 por joaoluis