Ferramentas do usuário

Ferramentas do site


Barra lateral

CMQ
Centro de Métodos Quantitativos


USP ESALQ
Depto. de Ciências Florestais
ESALQ
UNIVERSIDADE de SÃO PAULO
Av. Pádua Dias, 11
Caixa Postal 09
13418-900 - Piracicaba - SP
BRASIL
biometria:r-tutor:08-simulacao

Uso da Linguagem R para Análise de Dados em Ecologia

8. Reamostragem e Simulação

O R é uma ferramenta poderosa para simular situações e compará-las com padrões obeservados. O assunto é extenso, e aqui apresentaremos apenas exemplos simples das modalidades mais usadas dem ecologia. Para quem quiser se se aprofundar, um bom começo é Manly (1997 1)).

A Função ''sample''

Esta função reamostra os elementos de um vetor:

> meu.vetor
 [1] "A" "A" "B" "B" "C" "C" "D" "D" "E" "E"
> meu.vetor.bagunçado <- sample(meu.vetor)
> meu.vetor.bagunçado
 [1] "C" "A" "A" "D" "B" "E" "E" "C" "D" "B"

Por default a função retorna um novo vetor de mesmo comprimento, com os elementos permutados ao acaso. Portanto, é uma amostragem sem reposição. A função tem argumentos que definem se a amostragem é ou não com reposição, o tamanho do vetor resultante, entre outros. Consulte a página de ajuda.

Exercícios

<box left | Exercício: Quem Precisa da Caixa Econômica?> Você pode simular sorteios das loterias com a função sample. Consulte a ajuda da função para descobrir como simular um sorteio como o feito para o jogo da sena. </box>

Reamostragens sem Reposição: Permutações

Nesse procedimentos apenas “embaralhamos” os elementos de um ou mais vetores, o que podemos fazer gerando um vetor de mesmo tamanho, cujos elementos são amostrados ao acaso sem reposição. Esse procedimento é chamado de permutação ao acaso.

Testes de Permutação

Uma das aplicações simples das permutações ao acaso são testes de comparação de médias entre grupos, como o teste t, como mostramos abaixo.

Os dados que usaremos são numero de besouros no conteúdo estomacal de lagartos Phrynosoma brevirostrae machos e femeas (Manly,1997):

<code>
> lagartos <- data.frame(sexo=factor(c(rep("m",24),rep("f",21))),
+                        ncoleop=c(256,209,0,0,0,44,49,117,6,0,0,75,34,13,0,90,0,32,0,205,332,0,31,0,
+                           0,89,0,0,0,163,289,3,843,0,158,443,311,232,179,179,19,142,100,0,432))

Uma análise exploratória dos dados mostra que as médias amostrais são muito diferentes, mas as variâncias também, e a variação é muito grande, devido ao grande número de animais sem sinais de besouros no estômago:

> tapply(lagartos$ncoleop,lagartos$sexo,summary)
$f
   Min. 1st Qu.  Median    Mean 3rd Qu.    Max.
    0.0     0.0   142.0   170.6   232.0   843.0

$m
   Min. 1st Qu.  Median    Mean 3rd Qu.    Max.
   0.00    0.00   22.00   62.21   78.75  332.00

##Médias
> medias <- tapply(lagartos$ncoleop,lagartos$sexo,mean)
> medias
        f         m
170.57143  62.20833
##Diferença absoluta entre as médias
> dif.obs <- abs( diff( as.vector(medias) ) )
> dif.obs
[1] 108.3631

##Variâncias
> tapply(lagartos$ncoleop,lagartos$sexo,var)
        f         m
43533.557  8855.911

Os gráficos de quantis téoricos indicam um forte desvio em relação à distribuição normal:

<box left orange 47%></box> <box right orange 47%></box>

Como os dados não atendem as premissas de um teste t, uma alternativa é substituí-lo por um teste de permutação. Como a hipótese nula é que as duas amostras vêm de populações com a mesma média, ela pode ser simulada permutando-se ao acaso os valores entre os sexos.

Calculamos então um índice de diferenças entre as médias das amostras que deve ser similar ao obtido, caso a hipótese nula esteja correta. Repetindo esse procedimento milhares de vezes, podemos estimar a chance de um valor igual ou maior que o observado ter ocorrido mesmo se as duas amostras vêm de populações com médias diferentes.

A permutação é feita com a função sample, que pode ser repetida com um loop, por meio da função for:

> ##cria um vetor para armazenar os resultados
> results <- c()
> ##Permuta os valores das medidas, calcula a diferença absoluta entre as médias e 
> ##armazena no vetor "results". Repete a operação mil vezes
> for(i in 1:1000){
+ results[i] <- abs( diff( tapply(sample(lagartos$ncoleop),lagartos$sexo,mean) ) )
+ }

Em apenas 15 das mil permutações a diferença absoluta das médias foi igual ou maior do que a observada:

> sum(results >= dif.obs)
[1] 15

Logo, a diferença observada é pouco provável sob a hipótese nula, o que nos permite rejeitá-la. Um gráfico de densidade probabilística dos valores das permutações ilustra isso:

> plot(density(results),xlab="Diferença Absoluta das Médias",ylab="Freq Relativa", main="")
> abline(v = dif.obs, col="red")

<box orange center 55%></box>

Modelos Nulos em Ecologia de Comunidades

Modelos nulos em ecologia de comunidades 2) muitas vezes envolvem permutação de elementos de uma matriz, em geral de ocorrência ou abundância de espécies por local.

Vamos imaginar uma dessas matrizes, com seis espécies (linhas) e seis locais (colunas):

> cc2
    [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6]
sp1    1    1    0    0    0    0
sp2    1    1    1    0    0    0
sp3    0    0    1    1    0    0
sp4    0    0    1    1    1    0
sp5    0    0    0    0    1    1
sp6    0    0    0    0    1    1
> #Numero de especies por local
> S.obs <- apply(cc2,2,sum)
> S.obs
[1] 2 2 3 2 3 2
> ##Maximo de especies em coexistencia
> max(S.obs)
[1] 3

Podemos nos perguntar se há um limite ao número de espécies que podem coexistir. Se isso ocorre, o número máximo de espécies em co-ocorrência deve ser menor do que se distribuirmos as espécies ao acaso pelos locais. Há vários cenários nulos possíveis, mas ficaremos aqui com permutação dos locais em cada espécie ocorreu.

Para isso, basta permutar os valores dentro de cada linha:

> apply(cc2,1,sample)
     sp1 sp2 sp3 sp4 sp5 sp6
[1,]   1   0   0   1   0   1
[2,]   0   1   0   0   1   0
[3,]   0   1   1   1   0   0
[4,]   0   0   0   1   1   0
[5,]   0   1   0   0   0   1
[6,]   1   0   1   0   0   0

Ops! a função apply retorna sempre seus resultados em colunas, transpondo a matriz original. Para evitar isso, transpomos o resultado, voltando as espécies para as linhas:

> t(apply(cc2,1,sample))
    [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6]
sp1    0    1    0    0    1    0
sp2    1    1    0    0    1    0
sp3    0    1    0    1    0    0
sp4    0    1    0    0    1    1
sp5    1    0    0    0    0    1
sp6    1    0    1    0    0    0

Agora basta repetir essa permutação muitas vezes e calcular o número máximo de espécies em co-ocorrência. Para esse cáculo, podemos criar uma função:

> ##Uma funcao para calcular o maximo de especies em co-ocorrencia
> max.c <- function(x){ max(apply(x,2,sum)) }
> max.coc <- max.c(cc2)
> max.coc
[1] 3

E então repetimos as permutações 1000 vezes, inserindo-as em um loop:

##Um vetor para guardar os resultados
> results <- c()
## Mil simulações em um loop
> for(i in 1:1000){
+   result.c[i] <- max.c( t(apply(cc2,1,sample)))
+ }

O número de randomizações que teve um máximo de espécies por local menor ou igual ao observado foi alto (21,6%), portanto a observação de que no máximo três espécies ocorrem no mesmo local não é evidência de que haja um limite a esse número:

> sum(result.c<=max.coc)
[1] 216

Reamostragem com Reposição: Bootstrap

Como a maioria das boas idéias, o conceito geral do bootstrap é muito simples: <box center 80% orange> Se aceitamos que nossa amostra é a melhor informação disponível que temos sobre uma população estatística, podemos simular uma nova coleta de dados reamostrando os elentos de nossa amostra, com reposição. </box>

A aplicação mais simples deste princípio é estimar intervalos de confiança por reamostragem. Para exemplificar, usaremos o conjunto de dados BCI, um dataframe de abundânicas de espécies de árvores na parcela permanente de Barro Colorado nas (linhas), por subparcelas de 1 ha:

##Esse objeto de dados está no pacote "vegan"
> data(BCI, package="vegan")
##Visão de três linhas e três colunas
> BCI[1:3,25:28]
  Brosimum.guianense Calophyllum.longifolium Casearia.aculeata Casearia.arborea
1                  0                       0                 0                1
2                  0                       2                 0                1
3                  0                       0                 0                3

Vamos criar uma função para calcular o índice de Shannon a partir de um vetor de abundãncias de espécies, e aplicar a cada parcela:

> H <- function(x){
+   y <- x[x>0]
+   pi <- y/sum(y)
+   -sum(pi*log(pi))
+ }
> H.BCI <- apply(BCI,1,H)

O vetor H.BCI contém os índices de Shannon de cada parcela de 1 ha. Sua distribuição não parece ser normal:

> hist(H.BCI,xlab="Índice de Shannon")
> qqnorm(H.BCI);qqline(H.BCI)

<box center orange 80%></box>

Vamos simular uma amostra deste conjuntos de parcelas, e estimar o intervalo de confiança da diversidade média por parcela:

> ##Uma amostra ao acaso de 20 parcelas
> bci.sample <- BCI[sample(1:nrow(BCI),20),]

> ##Estimativas da média e intervalo de confiança baseados na distribuição de t de Student:
> t.test(H.am)

        One Sample t-test

data:  H.am
t = 114.8506, df = 19, p-value < 2.2e-16
alternative hypothesis: true mean is not equal to 0
95 percent confidence interval:
 3.783456 3.923914
sample estimates:
mean of x
 3.853685

A função t.test quando aplicada a um vetor de números sem nenhum outro argumento retorna o teste t com a hipótese nula de que o vetor é uma amostra de uma população com distribuição normal e média zero. O intervalo de confiança da média da população de onde veio a amostra também é calculado.

No caso, esse intervalo não inclui o zero, o que rejeita a hipótese nula. Mas o que interessa aqui é que o intervalo inclui a média da população de parcelas de onde veio a amostra, que é :

> mean(H.BCI)
[1] 3.82084

Se a amostra vem de uma população de valores com distribuição normal, o intervalo deve incluir a média da população em 95% das vezes que uma amostragem for realizada 3).

Como a premissa de normalidade parece não ser verdadeira, uma solução é calcular um intervalo por bootstrap. Para isso, basta re-amostrar com reposição a amostra, e calcular a estatística de interesse, no caso a média dos índices de Shannon de cada parcela:

##Um vetor para armazenar os resultados
> results <- c()
##Reamostrando 1000 vezes com reposição
> for(i in 1:1000){ results[i] <- mean( sample(H.am,replace=T) )}

A diferença entre a mádia da amostra original e a média das aleatorizações estima o viés, no caso muito pequeno:

> mean(results)
[1] 3.853739
> mean(H.am) - mean(results)
[1] -5.396726e-05

O intervalo de confiança por quantis a 95% está compreendida entre o valor abaixo do qual há apenas 2,5% das randomizaçôes e o valor acima do qual restam apenas 2,5% das randomizações. Portanto, são os quantis a 2,5% e 97,5% dos mil valores simulados. Usamos a função quantile para obtê-los:

> quantile(results, probs=c(0.025,0.975))
    2.5%    97.5%
3.788261 3.912513

No caso, não houve diferença importante entre os intervalos de confiança estimados por bootstrap e pela distribuição de t de Student.

Simulações com Distribuições Teóricas

O R gera valores amostrados de distribuições teóricas de probabilidades (ver Distribuições Estatísticas: Funções no R), o que pode ser usado em simulações de diversas maneiras.

Um delas é avaliar a eficácia de um procedimento, como a força de um teste de significãncia em diferentes situações. O exemplo a seguir avalia a força de um teste t comparando duas amostras tomadas de duas populações com distribuição binomial negativa.

Para ilustrar a forma dessas distribuições, podemos fazer este gráfico:

> x1 <- (rnbinom(n=1000000,size=2,mu=2))
> x2 <- rnbinom(n=1000000,size=2,mu=3)
> plot(table(x1)/1000000,ty="l",xlab="Valores",ylab="probabilidade",ylim=c(0,0.3),xlim=c(0,15))
> points(0:15,table(x2)[1:16]/1000000,ty="l", col="blue") 
> legend(8,0.2,c("média=2, var=4","média=3, var=7.5"),lty=1,col=c("black","blue"))

<box orange center 55%></box>

As premissas do teste t são que as amostras vêm de distribuições normais com variâncias iguais (pelo menos aproximadamente). A distribuição binomial negativa tem uma forma diferente da normal, e nela a variãncia é uma função da média. Assim, duas distribuições binomiais negativas com médias diferentes, como as ilustradas acima, terão variãncias diferentes. Além disso, a distribuição binomial negativa é discreta, enquanto a normal é contínua.

Em resumo, usar o teste t para comparar as médias de amostras tomadas de populações com distribuição binomial negativa implica em desconsiderar as premissas do teste, o que pode comprometer sua força. Mas como avaliar isso? Podemos simular amostras com médias diferentes, aplicar o teste t e contar o número de simulações em que o teste indicou uam diferença significativa entre as médias, a 5%.

Para simular a comparação de duas amostras de tamanho dez, usando um loop temos:

##Um vetor fator com 20 elementos, para representar cada elemento das duas amostras
> tratamento <- factor(x=rep(c("a","b"),each=10))
##Um vetor para armazenar os resultados da simulação
> results <- c()
##Mil simulações, com um loop e a função t.test para realizar o teste t
> for(i in 1:1000){
+   variaveis <- c(rnbinom(n=10,size=2,mu=2),rnbinom(n=10,size=2,mu=3))
+   results[i] <- t.test(variaveis~tratamento)$p.value
+ }
##Quantas das simulações indicaram uma diferença significativa das médias?
> sum(results<=0.05)
[1] 128

Exercícios

<box left | Exercício: Que simulação é esta?> Descubra que simulação é feita com código abaixo:

> m1 <- matrix(data=rnbinom(n=10000,size=2,mu=2),nrow=10,ncol=1000)
> m2 <- matrix(data=rnbinom(n=10000,size=2,mu=3),nrow=10,ncol=1000)
> matrizona <- rbind(m1,m2)
> tratamento <- factor(x=rep(c("a","b"),each=10))
> signif.t <- function(valores,fator){(t.test(formula=valores~fator))$p.value}
> sum(apply(X=matrizona,MARGIN=2,FUN=signif.t,fator=tratamento)<=0.05)

</box>

1)
Manly B. F. J., 1997 Randomization, bootstrap and Monte Carlo methods in biology. 2nd Ed., Chapman and Hall, London
2)
ver GOTELLI, N. J. & G. R. GRAVES. 1996. Null models in ecology. Washington and London, Smithsonian Institution Press
3)
Obs: é um erro comum pensar que o intervalo de confiança é fixo, e a média tem 95% de chance de estar dentro dele. Na verdade, a média populacional é fixa, pois é um parâmetro. O intervalo varia a cada vez que você repetir a amostragem, sendo uma estimativa por intervalo
biometria/r-tutor/08-simulacao.txt · Última modificação: 2015/08/10 20:48 (edição externa)